La cirugía gastrointestinal es una especialidad del Servicio de Cirugía, en donde se tienen en cuenta todas las patologías que involucren al esófago, estómago, duodeno, hígado y vías biliares, vesícula biliar, páncreas, intestino delgado y grueso; se dedica al diagnóstico y tratamiento de los pacientes con enfermedades del tracto digestivo alto con patologías benignas y malignas.

La cirugía gastrointestinal resuelve los problemas del sistema digestivo que no responden al tratamiento médico. Algunas enfermedades digestivas requieren una biopsia, resección o extracción de la totalidad o parte de un órgano.